Původ receptury Prazdroje je svázán se vznikem plzeňského měšťanského pivovaru. Při první várce 5. října 1842 se sládkovi Josefu Grollovi povedlo vytvořit pivo vskutku unikátní barvy a chuti. Dlužno říci, že se mu to podařilo omylem, neboť byl původně přizván na vaření piva klasického bavorského typu. Místní měkká voda, kvalitní žatecký chmel a nová anglická metoda zpracování sladu však způsobily, že čerstvá várka po svém naražení 11. listopadu překvapila nebývalou kvalitou.
Od roku 1843, jen o půl roku později mohli toto pivo ochutnat i Pražané, neboť Jakub Pinkas, toho času ještě krejčí, si nechal přivézt na povozu z Plzně dvě vědra s touto novinkou a dal je ochutnat svým známým. To se velmi dobře ujalo a tak se z krejčího rychle stal hostinský. Ve svém domě na Jungmannově náměstí, kde měl krejčovskou dílnu, zřídil výčep. Od té doby se U Pinkasů čepuje, bez přerušení až do současnosti, už jen plzeňské pivo a v Praze tak vznikla první plzeňská pivnice. Tím Jakub Pinkas zakládá tradici jedné z nejslavnějších staročeských hospod, U Pinkasů.
Nové pivo si rychle získalo věhlas a začalo se i vyvážet. S tím samozřejmě přišly i různé plagiáty, proti kterým plzeňský pivovar bojoval registrací různých ochranných známek, z nichž ta současná vznikla teprve na sklonku 19. století. Registrována byla v roce 1898, a to dvojjazyčně, česky jako „Plzeňský Prazdroj“ a německy jako „Pilsner Urquell“.
Po privatizaci se začalo důsledně užívat delší německé varianty Pilsner Urquell. Národ však tento název nepřijal, a tak se nejčastěji slyší označení Plzeň, i když v některých může evokovat asociaci na příbuzný Gambrinus.
Pilsner Urquell se vařil v roce 2007 již ve třech pivovarech - ruská Kaluga, polské Tychy a plzeňský pivovar. V roce 2011 bylo vaření piva v Polsku ukončeno.